L'Università di Pisa ha costruito nel tempo uno straordinario patrimonio museale, oggi rappresentato da molte collezioni.
Esso non è il frutto di acquisizioni casuali ma testimonia l'esito delle ricerche e delle vite degli uomini e delle donne che le hanno condotte e che a Pisa hanno operato e insegnato. Le collezioni e i musei che compongono il Sistema Museale di Ateneo raccontano questa storia e, con essa, quella di alcune delle tappe più importanti dell'evoluzione del pensiero scientifico e della cultura europea fino ad oggi.
Costituito nel settembre 2012, erede della precedente Commissione dei Musei (1982), il Sistema Museale di Ateneo ha il compito di valorizzare, conservare e incrementare il patrimonio museale dell'Università, di curare e diffonderne la conoscenza e di promuovere la progressiva integrazione del complesso dei musei e delle collezioni che ne fanno parte.
Del Sistema Museale d'Ateneo fanno parte i seguenti musei e collezioni:
Museo degli Strumenti per il Calcolo
Museo di Storia Naturale di Calci